Для оплачивающей стороны как правило никакой разницы нет. Более того, безналичный расчет удобнее пачки бумаги, быстрее и безопаснее.
А вот для стороны, принимающей оплату, он сопряжет с некоторыми комиссиями, которые взимают платежные системы и банки, проводящие операции, а следовательно, приводит к потере части потенциальной прибыли. И если для крупных магазинов эти комиссии как правило не критичны и им по большому счету все равно, то вот при небольшом обороте они могут быть ощутимыми.
Так же наличные можно не задекларировать и не платить налог