В соответствии с подпунктом "д" пункта 50 Положения о воинском учете, утвержденного постановлением Правительства Российской Федерации от 27 ноября 2006 года № 719, граждане, подлежащие воинскому учету, обязаны сняться с воинского учета при переезде на новое место жительства или место пребывания (на срок более 3 месяцев), а также при выезде из Российской Федерации на срок более 6 месяцев и встать на воинский учет в 2-недельный срок по прибытии на новое место жительства, место пребывания или возвращении в Российскую Федерацию.
Таким образом, если вы выезжаете за пределы Российской Федерации на срок более 6 месяцев и перед выездом исполните указанную выше обязанность (т.е. представите в военный комиссариат сведения, подтверждающие факт предполагаемого выезда, для снятия с воинского учета), то вам не могут быть созданы препятствия при пересечении Государственной границы Российской Федерации, если для этого нет иных оснований.