Мода. Конкретно упомянутые вами в тексте вопроса действительно нынче редко встретишь. Рискну сказать, что они и в XIX веке не занимали первые строчки хит-парада. Хотя раньше строже придерживались церковных календарей, и у родившегося "в день Афанасия" было больше шансов быть названным именно так.
Но, в принципе, на мой взгляд, сейчас все же можно наблюдать увлечение именами "под старину", необычными, редкими - например, часто встречаю детей с именами Архип, Злата, Тарас, Тимофей, Потап, Марк, Даниил, Ульяна, Аглая, Агата, Матвей, Макар, Степан и что-то подобное. Очень много девочек с именем "София". Такие имена реже встречались в 90-е, как мне кажется. Зато в 90-х был "бум" имени "Анастасия" :) Оно продолжает оставаться популярным, но тогда, по моим ощущениям, оно прямо на пике было ;) Зато всем привычные женские имена типа "Наталья", "Ольга", "Елена", "Татьяна" - позови, и чья-то мама обернется, как говорится - то есть те имена, которые где-то до середины 80-х были одними из самых "хитовых", сейчас не так часты, десятилетнюю Наташу или Лену тяжело, как мне кажется, найти. Зато Маш , Кать, Ань, Саш, Паш по-прежнему много. Но это, так скажем, интернациональные имена.
Почему какие-либо имена теряют популярность, а другие резко набирают - не знаю. Как вариант, иногда этому способствует кто-то очень известный: слышала, что в 60-е имя "Юрий" было в большом фаворе благодаря Юрию Гагарину.