О, это бесконечный вопрос.
Когда-то я столкнулся с щелчками на новом велосипеде. В первую очередь сняли и поставили назад педали (со смазкой резьбы, конечно). Часто причина в них. Потом сняли подседел, посадили его на канифоль и на нормальный зажим. Часто причина в подседеле. Потом слушали седло. Потом долго пытались понять что ещё может щелкать. Щелкало именно при нагрузке на педали. Меня убеждали, что это может быть рама (мол дефектная рама). Кончилось тем, что сняли руль, вилку, все перебрали в этом узле и щелчки ушли.
На другом велосипеде тоже начались при нагрузке щелчки в педалях. Тут, все-таки, я сразу локализовал именно педали, так как щелчки удавалось вызвать когда велосипед в покое, а я жму (не педалирую, а прилагаю разные нагрузки в разные стороны) педали рукой. Как раз надо было менять систему, кассету и цепь, сняли сразу и шатуны, оказалось каретка чуть разболталась, как я и думал. Это, кстати, очень опасно, так как разбить стакан каретки это не весело для ремонта.
Так что удачи в поисках.
PS вот, насладитесь набором возможных причин. там еще весело по ссылке 2015 )