Конечно. Не думайте, что в палеонтологии всё держится на двух костях и трёх зубах. Благодаря исследованиям палеонтологов мы сейчас имеем очень обширную и весьма точную картину эволюции. И эта картина подтверждается молекулярно-генетическими исследованиями (пусть с небольшими поправками) и уточняется радиоизотопным датированием.
А теперь представим себе, что существовала такая цивилизация. Она разве не оставила бы мусора? Каменные и некоторые металлические предметы вполне могли сохраниться и за 100 миллионов лет. К тому же, у развитых цивилизаций есть разные способы погребения, а значит и сохранность их останков была бы выше, чем останков просто умерших животных. Не кремировали же их всех, правда?
Любая цивилизация возводит впечатляющие строения. Не могли же они все разрушиться полностью, наверняка что-то бы сохранилось. Если цивилизация добралась хотя бы до простых производств с применением химии, мы бы увидели следы этого в виде накопления веществ в породе, которых быть не должно.
Опять же вряд ли эта цивилизация была численностью 3000 особей и обитала на одном только островке, который просто исчез.
И самое главное. Всё имеет своего предка. Эта цивилизация должна была бы иметь уникальную длинную эволюционную ветку с переходными звеньями и ответвлениями. В эволюционной картине есть неточности, но упустить такую ветку невозможно — это дыра в миллионы лет.
Поверьте, археоптерикс — не единственный экземпляр, доказывающий происхождение птиц от динозавров, полно всяких ихтиорнисов, анхиорнисов и других. Кстати задолго до них появились пернатые динозавры и, известный по фильмам, велоцираптор один из них. К тому же, все современные птицы произошли не от археоптерикса (сестринская ветвь).
Аргументы вроде «есть же то, чего мы не знаем…» или «есть то, что наука не может объяснить…» не работают. Во-первых, нельзя строить теории на незнании, это логически неверно. Во-вторых, то что наука не объясняет, не значит, что не существует кучи научных теорий, которые пока не подтверждены. Наука очень строга к доказательствам.
Так что, как видите, современная наука почти не оставляет места для подобных сценариев. О возможности подобного можно будет говорить, когда появятся предпосылки и будут исчерпаны известные способы объяснения этих фактов/находок (таков принцип науки). А мечтать и писать фантастику про это — можно :)