Спасибо предыдущим отвечавшим - они достаточно подробно ответили на вопрос "Почему?". Я же попробую дополнить ответом на вопрос "Зачем?"
Если отбросить в сторону стремление людей к свободе и независимости, а также естественное нежелание делиться тяжело заработанным с какими-то неизвестными людьми где-то там далеко, не говоря уже том, что чисто исторически чаще города объединялись в государства для совместного решения общих вопросов, чем наоборот, то остается такая штука, как конфликт интересов.
Если посмотреть на интересы условной федерации или региона, то они максимально заинтересованы в том, чтобы выкачать все ресурсы (денежные, интеллектуальные, рабочие, физические и т.д.) и распределить внутри себя, по какой-то там схеме распределив между теми, за кого несут ответственность, жалкие остатки, если такие будут (ничего не напоминает, кстати?).
Интересы муниципалитетов в свою очередь им прямо противоположны: оставить как можно больше заработанных ресурсов себе и распределить их между своими соучредителями (т.е. жителями данного города).
Если не создать четкого разделения полномочий, чтобы за каждый карман отвечал отдельный человек, а взаимоотношения между ними зарегулированы прозрачными и понятными законами, то конфликт интересов исчезает и появляется возможность (и необходимость) сотрудничества и совместного подхода к решению проблем. При этом если такой подход не найден, у обеих сторон остаются ресурсы в не зависящем от их договоренностей количестве, что дает возможность обеим сторонам не зависеть друг от друга.
Если это правило нарушить и один человек (или орган) оказывается управляющим и федеральными ресурсами, и муниципальными, то его начнет раздирать все тот же конфликт интересов.
В соответствии с Конституцией РФ.
Глава 1. Основы конституционного строя
Статья 12
В Российской Федерации признается и гарантируется местное самоуправление. Местное самоуправление в пределах своих полномочий самостоятельно. Органы местного самоуправления не входят в систему органов государственной власти.
А с какой целью в Конституцию внесли эту статью?