Подать заявление о прекращение деятельности ИП сейчас можно даже в электронном виде на сайте ФНС России сделать это можно тут nalog.ru
Чтобы узнать, в какую налоговую подавать документы в конкретном регионе, рекомендую позвонить по справочным телефонам ФНС России, назвать номер налоговой на котором состоите на учете, Вам назовут налоговую в которую подавать документы. Скорее всего это будет один и тот же регион.
Относительно документов;
Надо заполнить форму № Р26001 в которой указать на прекращение деятельности ИП
Оплатить госпошлину в размере 160 рублей
Уведомить о прекращении деятельности территориальный орган пенсионного фонда
Представить налоговую декларацию и закрыть расчетный счет
Ну и конечно же не должно быть долгов