И латынь, и древнегреческий являются обязательными предметами на отделении религиоведения философского факультета МГУ - или, во всяком случае, они были обязательными, когда я был студентом (2006 - 2011).
Как обстоят дела на других кафедрах, сказать не берусь, но, насколько я знаю, на некоторых из них хотя бы один из древних языков также является обязательным. Впрочем, на таких кафедрах как кафедра логики изучение латыни или древнегреческого вряд ли было бы осмысленным в качестве обязательного предмета.
Кроме того, по мере необходимости на философском факультете есть возможность изучать языки факультативно: в нашей учебной группе были те, кто брал японский или арабский как дополнительный язык (плюс два древних, плюс один современный). Так что было бы жеалние.
На кафедре истории зарубежной философии тоже изучают и латынь и древнегреческий (факультативно). А также есть спецкурсы, где фактически тоже изучаешь древний язык. Мы так семестр читали Лукреция, например.