Avid Media Composer более всего распространен в большом кино. Adobe Premiere также очень популярен и по инструментарию вполне подходит для серьёзных фильмов, не нагруженных CGI, хотя, действительно, сочетаемость с After Effects позволяет делать достаточно серьёзные спец. эффекты.
Final Cut есть седьмой - он еще котируется среди профессионалов, а есть более новый Final Cut Pro X, который упрощен и более заточен под новичков. Например, нас в университете учат работать именно в нем, но примерно после года обучения все переходят на Premiere.
А ещё не стоит забывать, что обязательный этап цветокоррекции делается чаще всего в DaVinci Resolve, в котором можно внести финальные штрихи по монтажу. Но сложно представить, чтобы кто-нибудь решился с нуля монтировать в нём серьёзный фильм.
А как же Unreal Engine или Unity?
"Аватар", например, монтировали с использованием Avid Media Composer. Подробности о программе можно узнать на сайте производителя.
При производстве спецэффектов часто используется ПО, разработанное собственно студией, делающей эти эффекты. Так было при создании "Властелина Колец", когда студия Weta Digital использовала собственную разработку "MASSIVE" для создания батальных сцен.