Ну, у этих слов есть и общее, это все термины построенные на основе слов греческого языка.
Гностицизм, и агностицизм - от слова гнозис - знание.
Гностики были учением тайного "знания", которое раскрывалось в зависимости от степени посвящения. Прямыми наследниками и последователями гностиков являются современные эзотерики и прочие "посвященные". Методику постепенного погружения в учение, в зависимости от степеней сопроваждаемых переходом из степени в степень ритуалами занимаются многие секты.
Агностики - предлог а- в греческом означает отрицание, то есть если гностики - "знающие", то агностики - не знающие. Это люди не определившиеся в своих убеждениях относительно бытия Бога, религий и всего прочего. Есть ли Бог, нет ли Бога - агностик отвечает - "я не знаю".
Атеисты - опять таки а-теисты, то есть не - теисты. Теист - от слова Теос - Бог по гречески. То есть теисиы - те которые "божьи" - "За Бога". То есть - верующие в Бога, а атеисты - соответственно бытие Бога отрицающие.
Как то так.
Гностики утверждают, что мир познаваем. Агностики и атеисты считают наоборот, что нет внешних факторов, которые познаваемы. Все есть продукт деятельности человека.