Потому что с точки зрения железной дороги станция, на которую вы приезжаете, это Москва-Октябрьская или Москва-Смоленская. Станции в структуре ж/д называются именно так. И на билетах станция назначения или отправления обозначается соответственно. А то, что в городе вокруг ж/д станции выстроен транспортный узел с названием Ленинградский или Белорусский вокзал - это дело города.
Похоже, что эти названия берутся в большинстве случаев от направлений дорог - к какому городу она ведет. На Смоленск, на Казань. А в этом примере название пришло в постреволюционную эпоху - как еще было назвать главную железную дорогу, важнейшную транспортную магистраль, как не в честь Октябрьской революции.
Пишут всегда название станций на железной дороге. Если писать по вашему, то кроме двух столиц в каждом городе будет только один "Вокзал". Оно надо?
Поэтому названия и будут Саратов-1, Урбах, Москва-Павелецкая. Таких населённых пунктов на картах нет, но станции есть.