Да, такие широко используемые пакеты, как ChemOffice, предлагают такую возможность. Правда, опыт их использования студентами для домашних заданий по органике говорит, что они не всегда правильно знают правила номенклатуры IUPAC: предложенное название будет однозначно задавать структуру, но кое-какие тонкости окажутся написанными не так, как рекомендовано.
Это умеет делать любая рисовалка химических формул. Вот самые популярные это chemdraw( самая модная), chemsketch( классика), chemwin( для пенсионеров). Есть ещё Marvin sketch и онлайн рисовалки. Эти программы умеют как написать название, так и из названия сделать формулу. Интерфейсы интуитивно понятны.