Если имеется в виду первый эпизод "Скрытая угроза", то можно выделить несколько уровней причин конфликта.
Формально суть конфликта заключается в установлении торговой и военной блокады системы Набу Торговой Федерацией. Торговая Федерация -- это картель, основанный объединением нескольких организаций. Во время действия фильма этот картель контролировал ключевые торговые пути, множество планет, а также имел собственное место в Сенате Галактической Республики.
Такое большое влияние заставило Республику установить новую систему налогообложения торговых путей, которая бы ограничила возможности Торговой Федерации всё больше влиять на политику в галактике. Именно в ответ на эти меры, Торговая Федерация и установила блокаду системы Набу, с которой и начался конфликт, показанный в фильме.
Однако сама по себе Торговая Федерация не пошла бы на такой рискованный и радикальный шаг. Вице-король Торговой Федерации заключил сделку с могущественным союзником, который должен был "уладить все формальности в Сенате". Для вице-короля этот союзник носил имя Дарт Сидиус, а в миру он был сенатором от системы Набу -- Палпатином. Именно при помощи блокады своей родной планеты, в итоге, он добился должности Верховного Канцлера Республики.
Если пойти дальше, то стоит упомянуть, что все махинации Сидиуса проводились при поддержке его учителя -- Дарта Плэгаса. В миру он был известен как Хего Дамаск -- один из богатейших представителей Банковского Клана. Изначально планировалось, что Дамаск будет назначен соканцлером Палпатину, однако ученик решил не делить власть со своим учителем и убил его пока тот уснул во время их совместного празднования избрания Палпатина канцлером.
Продвигаясь дольше по истории, отдельного внимания заслуживает тот факт, что Плэгас и Сидиус принадлежали к династии ситхов Дарта Бэйна, который установил "Правило Двух" почти за тысячу лет до событий фильма. В соответствии с "Правилом Двух", ситхов должно быть всегда двое: учитель и ученик. Несмотря на то, что правило по ходу истории неоднократно, так или иначе, нарушалось, такой порядок, в итоге, дал свои плоды. Двое ситхов могли легко скрыть своё существование и накапливать мощь для исполнения своих заветных целей -- уничтожения джедаев и установления власти ситхов над галактикой. Эти цели и были достигнуты одним из последних представителей династии ситхов -- Сидиусом.
Таким образом суть конфликта является многоуровневой и восходит к давнему противостоянию двух идеологий -- джедаев и ситхов.
А то, что у Сидиуса на момент 1 эпизода был собственный ученик -- это ляп создателей расширенной вселенной или шо?
галактическая федерация до того подняла налоги что картелям торговой федерации пришлось начать войну против государства а в фильме почему то они плохие =(