честно говоря, я не слышала, чтобы граждан РФ с азербайджанскими фамилиями не пропускали на территорию Армении. Скорее всего наверняка тщательно проверят, но думаю впустят
с 2017 года попасть в Армению можно по внутреннему паспорту гражданина РФ, но только при авиаперелёте. так что загранпаспорт с отметками из Азербайджана никто не увидит. и еще - для граждан России получать визу в Армении не нужно. а оснований не выпустить человека из аэропорта из-за ФИО нет