Сначала, пожалуй, стоит разобраться в значении слова "педофилия". Педофилия ( от гр. pais (paidos) дитя + phileo люблю) - половое извращение, при котором взрослый человек проявляет сексуальную активность по отношению к ребенку того же или противоположного пола (https://dic.academic.ru).
Главный герой Леон не проявляет сексуальное влечение к Матильде. Фильм, скорее, рассказывает о том, что даже хладнокровный убийца способен к сочувствию и имеет свои слабости.
Это один из множества фактов об этом фильме, поэтому, дабы не проспойлерить, не буду углубляться в детали)