Можно ли поступить в хороший университет на бюджет, сдав ЕГЭ на 90-100 баллов, но имея тройки в аттестате?

Конечно можно. ЕГЭ это основной критерий, аттестат вообще роли не играет. Я знаю многие ВУЗы, в которых за золотую медаль добавляли только 1 балл к ЕГЭ, что, как Вы понимаете, очень мало.