Почему церковные иерархи, обращаясь к Владимиру Путину, используют формулу "Ваше превосходительство", а не "Ваше Величество"?

Потому что президент - не монарх, а обращение "ваше превосходительство", прежде использовавшееся в отношении генералов, в наше время общепринято в отношении глав государств и дипломатов в официальной обстановке и на письме.