Немецкой оккупационной в 1941-1944. Расстреливали, увозили в лагеря и прочее.
А в остальные времена когда как. До Екатерины второй их просто не особо много проживало тут. От раздела Польши до начала 20 века были поражены в правах, не могли свободно передвигаться по территории (но это не только их касалось), случались погромы. В поздний Сталинский период была компания по борьбе с космополитизмом, тогда тоже многие пострадали.
Ну это если чисто антиеврейские вещи вспоминать, а так в ту же революцию и Гражданскую войну и время чисток, евреи наряду с представителями других национальностей тоже сильно пострадали.