На днях как раз смотрел видео, где выдвигается теория, что Зион с жителями — это резервная восстановительная система матрицы. То есть, основная система ИИ — архитектор, агенты, могут контролировать только программную часть без новых ошибок, ту часть, которая существует без изменений с момента проектирования матрицы. Но есть вероятность возникновения внутренней разрушающей систему ошибки (агент Смит). Это побочный эффект свободной воли ИИ. Ведь Смит вирусом стал не после того, как Нео его разрушил в первый раз. Он уже до этого вытаскивал наушник (шёл против системы) и рассуждал о том, как он ненавидит людей (основной источник питания системы). То есть опасность для функционирования матрицы не в свободной воле людей (это иллюзия), а во вновь проявившейся свободной воле какой-то части ИИ. Предыдущие версии матрицы были разрушены не Нео и не людьми (архитектор этого не говорит), а Смитом или подобным ему вирусом, с которым предыдущие версии Нео не справлялись. Для этого ядро ИИ (архитектор) при проектировании следующей версии матрицы создаёт резервную восстановительную систему, обладающую свободой от основной части, но фактически изначально зависимую от создателя системы. Это Избранный, жители Зиона, и программные нестандартные инструменты: Пифия, Сераф, Меровинген и компания.
Эта теория подтверждается в конце фильма. СПОЙЛЕР. Нео договорился с архитектором о продолжении работы матрицы и уничтожил главную ошибку матрицы — Смита, а саму матрицу так и не уничтожил (и не должен был по изначальному замыслу). То есть всего лишь сработали инструменты восстановления целостности в критической ситуации.
Связь Нео с системой прослеживается в моменты, когда он вне матрицы останавливает роботов и видит окружающий мир без помощи глаз. То есть, он обладает инструментами не только внутри программы симуляции, но и средствами управления за её пределами. Эти инструменты с материалистической позиции в его сознании не могли появиться ниоткуда, кроме как изначально интегрироваться ядром ИИ.
Это одна из версий. Другая версия в том, что мир Зиона, вместе со всей движухой, — это другой более высокий уровень симуляции матрицы.
Третья версия — последний Нео всё таки был полностью свободен, не только в матрице, но и за её пределами. То есть вывел сознание из причинно-следственных связей материального мира. А решение о сохранении матрицы принял из-за сострадания к людям, которые бы погибли при её разрушении.