Ну, во-первых, не стоит путать ПНП и вирусы. Нежелательное ПО не распространяется путем заражения пользовательских и системных файлов, а лишь в виде скрытой установки. И явно вредоносных действий вроде повреждения или кражи пользовательской информации оно не совершает.
Другое дело, что даже установка "лишнего" софта и принудительное изменение настроек - дело в высшей степени свинское. Поэтому способы борьбы с этим свинством, конечно же, изобрели - достаточно залезть в поисковик. Например, вот: bloginfo.biz
Справедливости ради замечу, что сам я такими примочками не пользуюсь: всегда сам отслеживаю установку и обновление софта. Поэтому не могу ничего сказать за качество этих решений.