По тем же причинам, по которым его не получили Альфред Хичкок (почётный - не в счет), Орсон Уэллс и Роберт Олтман, а Мартин Скорсезе получил "Оскар" только за ремейк (по-моему, это какая-то странная форма унижения, лучше уж почётный).
Сотни киноведов гадали, гадают и будут гадать о том, какие же это причины, но главная, как мне кажется, в том, что премия "Оскар", которую привыкли воспринимать как какой-то объективный критерий оценки, на самом деле таковым не является. И художественная ценность картин - далеко не главный критерий.
Однако, можно предположить, что в случае с Кубриком роль играла спорность его работ и тот факт, что в определенный момент он разругался с Голливудом и все последующие фильмы снимал в Великобритании.