Думаю, тут сыграло роль всё же стечение обстоятельств - он пришёл туда давно и практически не имел конкуренции со стороны каких-либо других командных видов спорта.
Бейсбол пришёл в Японию ещё в 1872 году, его привёз американец Горацио Вильсон (Хорейс Уилсон, если желаете), который был учителем английского языка.
Футбол пришёл в Японию примерно в то же время, но разница была в том, что бейсбол получил свое первое распространение в студенческо-молодёжной среде, а футбол - среди военных.
Поэтому бейсбол гораздо раньше стал массовым, уже в 1920-е годы появилась первая почти что профессиональная бейсбольная лига, а в 1930-е годы японская All-Star команда сыграла свой первый матч против аналогичной американской.
Это отодвинуло футбол на второй план, первая профессиональная футбольная лига появилась только в 1965 году. Да и до сих пор бейсбол - доминирующий, самый популярный вид спорта в Японии, несмотря на рост популярности футбола и успехи футбольной сборной.