Начнем с того, что гоблины фигурируют, главным образом, в повести «Хоббит, или Туда и обратно» (1937), а орки – в трилогии «Властелин колец» (1954-55). Поэтому разница, можно сказать, скорее стилистическая. Для детской сказки (а «Хоббит» изначально создавался именно в этом жанре) нужно было использовать знакомое юным читателям слово. Любопытно, что в некоторых предисловиях к «Хоббиту» сам Толкин подчеркивал, что слово «орк» не является английским.
Само слово «гоблин» намного привычней английскому уху. Гоблин имеет своим прототипом закрепившееся в средневерхненемецком языке слово «кобольд». В английском же «гоблин» зафиксирован впервые в XIV веке и, вполне вероятно, своим появлением обязан т.н. среднефранцузскому языку.
Тем не менее, в «Хоббите» дважды упомянуты и орки, причем подчеркнута разница в размерах между ними. Подразумевается, что орки гораздо крупнее и злобнее, чем гоблины.
С точки зрения этимологии, слово «орк» происходит от латинского Оркус (бог смерти в римской мифологии). В английском языке оно закрепилось благодаря французским сказкам XVII века, где довольно часто встречалось слово ogre (куда оно, в свою очередь, перекочевало из итальянского).
Так что будем откровенны, между мультипликационным Шреком и толкиновскими орками существует как минимум лингвистическое родство.
Возникает вопрос – почему во «Властелине колец» Толкин решает использовать именно слово «орк», хотя в ранних черновиках еще фигурируют гоблины и хобгоблины? Скорее всего, ему необходимо было вывести культурное пространство трилогии за грань детской (и комнаты, и сказки).
Автор писал не формальное продолжение «Хоббита», как ему заказывали издатели, а совершенно новый текст, основанный на созданных ранее сюжетах «Сильмариллиона». Эта область толкиновской вселенной подчиняется иной внутренней логике, и поэтому требовалось закрепить это различие даже на уровне лексики.
Если же говорить о происхождении орков, то здесь Толкин предлагает нам лишь отдельные намеки. Его основная мысль такова: зло не может сотворить ничего нового, оно лишь может искажать до неузнаваемости уже существующее. Именно поэтому по одной из версий (упомянутых во «Властелине Колец») орки – это бывшие эльфы, душа и тело которых были изуродованы Морготом под покровом Тьмы. Именно поэтому они «множатся» по приказу того или иного темного владыки – Моргота и позже Саурона – и не выносят солнечного света.
Саруман идет даже дальше и создает «полуорков» - некий генетический гибрид между орками и людьми, которые не боятся солнца и испытывают особую, гипертрофированную ненависть к природе. Все они в итоге погибают – большая часть от разгневанных оживших деревьев Фангорна, а меньшая (отряд побежденного Сарумана, который пытался укрыться в Хоббитании) – от рук хоббитов, освобождающих в финале свою страну.
Иными словами, сила и мощь орков напрямую зависит от могущества их господина. С гибелью Саурона и Сарумана орки (они же гоблины) навсегда исчезают из Средиземья.