У всех ли в мире Наруто глаза со способностями или есть люди, чьи глаза обычные? То есть у них нет бякугана, риннэгана и т.д. Просто обычные глаза, как у нас.?

Нет, в мире Наруто глаза являются чаще всего наследственной мутацией. Шаринган у Учих, Бьякуган у Хьюго, Риннэган - особое и редкое додзюцу, для получения которого необходима «сила» Учих и Сэнджу одновременно.
Подавляющее число жителей мира Наруто не обладает каким либо додзюцу. Поэтому да, есть люди с обычными глазами и их очень-очень много.