Грамматика изучает строение слов, формы словоизменения, виды словосочетаний и типы предложений, делится на морфологию(изучает формы слова, словообразование и все, что внутри слова: приставка, суффикс и т.д.) и синтаксис(изучает законы построения предложений и словосочетаний, порядок следования и сочетаемость слов)
Проще говоря:
Грамматика = морфология(внутри слова) + синтаксис(снаружи)
Разница в том, что для синтаксиса слово является неделимой единицей, из которых состоят предложения, а для морфологии слово - составное понятие, которое можно разобрать по частям.
Уровни, в общем, разные