Пользуюсь только латиницей в именах файлов. Если принести кому-то файл, скажем, на флешке и у него не установлена поддержка русского языка, то в лучшем случае имена файлов превратятся в набор крокозябр (символов европейских алфавитов), а в худшем, в дополнение к этому Вы ничего с таким файлом сделать не сможете - ни открыть, ни скопировать, ни переименовать.
Внутри программ - только латиница, в соответствии с требованиями правил оформления кода и синтаксиса языков в которых я работаю.
Тексты документов на русском языке, естественно, кириллицей.
В названиях файлов точно, а внутри программ не всегда имеет смысл. Не раз сталкивался с проблемой, что из-за названия папки, файла кириллицей программа просто отказывалась работать.