Где в Москве можно получить высшее образование по философии буддизма, получив при этом практические знания по медитации и йоге?

Полагаю, что нигде т.к. те вводные условия, которые вы выдвинули: получение философского образования, медитации и йоги как правило не охватывают даже буддийские университеты в традиционных буддийских странах.
В России сейчас два учебных заведения в Бурятии готовят профессиональных лам. Но и там вряд ли вас обучат всем трём составляющим. (максимум двум)