Прежде всего потому, что в Косово много лет до его отделения шла жесточайшая этническая чистка в обе стороны (но преимущественно со стороны поддерживаемых руководством страны сербов), прекратить которую не удалось никакими другими средствами (сначала дипломатическими, затем военными) и жителям Косово при сохранении республики в составе Югославии грозило полное физическое уничтожение. Таким образом, отделение республики было единственным оставшимся способом прекратить насилие (что, кстати, и получилось - резни там больше нет).
Ни в Каталонии, ни в Крыму ничего подобного не было ни дня и нет ни единого надежного доказательства, кроме рассуждений на тему "могли бы, если бы, собрались бы", того, что подобное могло в обозримом будущем произойти.
Испания не признает независимости Косово именно из-за нежелания создавать прецедент для собственных автономных сообществ. Что касается Каталонии, то большинство стран мира просто ориентируются на позицию Испании, потому что такой союзник ценнее, чем каталонское правительство (кто сказал, что геополитический реализм мертв?)