Согласно Чикагской конвенции ни одна из стран не имеет право брать деньги за пролет над собственной территорией, кроме аэропортовых и аэронавигационных сборов. Соответственно, от лица государства эти деньги получает Госкорпорация по ОрВД.
Если же вы имеете ввиду так называемые роялти, за пролет Европейских и Азиатских авиакомпаний по Транссибирским маршрутам, то они выплачиваются в качестве возмещения за использование коммерческих прав на эти маршруты двум конкретным российским авиакомпаниям - Трансаэро и Аэрофлоту, эти соглашения не имеют ничего общего с бюджетом, так как касаются возмещения недополученных доходов этими авиакомпаниями.
Система торговли этими квотами появилась в то время, когда дальность самолетов не позволяла осуществлять беспосадочных полетов на дальние расстояния, а самый короткий маршрут из Европы в Азию и в Северную Америку из Азии располагается над Сибирью, что требовало промежуточной посадки самолета на территории России, то есть маршруты выглядели следующим образом Европа - СССР - Азия, Азия - СССР - Северная Америка. Коммерческими правами на маршруты СССР-Азия, СССР-Европа, СССР-Северная Америка в то время обладала только одна существовавшая в СССР авиакомпания - Советский Аэрофлот.
В Советском Аэрофлоте, в свою очередь монопольным правом на осуществление международных рейсов обладало центральное управление международного воздушного сообщения (ЦУ МВС), которое базировалось в Шереметьево.
После падения СССР и разделения Советского Аэрофлота, монопольным получателем рояли стал Российский Аэрофлот, созданный на базе ЦУ МВС. С появлением других авиакомпаний России и делегированием им коммерческих прав на эти маршруты, появились и другие получатели этих денег пропорционально их квотам на указанные маршруты. В частности вторым по объему получателем этих денег является компания Трансаэро.
Одним из артефактов этих соглашений является любопытная ситуация с компанией MIAT-Монгольские авиалинии, ей были переданы коммерческие права Аэрофлота на рейс Шереметьево-Берлин, чтобы она могла без уплаты роялти летать из Монголии в ГДР, однако даже после появления дальнемагистральных самолетов она продолжила летать через Шереметьево, и это один из уникальных примеров каботажа - когда вы можете купить билет из России в Германию на рейс Монгольской авиакомпании.