Проблема приоритетов. Город отдан машинам, что делает его абсолютно некомфортным и неудобным для пешеходов. Это первое.
Второе - сокращение зелёных насаждений. Мегаполисы заворачивают в бетон, что нагревает город, делает его опять же некомфортным для жителей. Поэтому в городах появляются такие темы, как пыльные вихри.
Третье - плотная многоэтажная застройка, которая стирает лицо города, убирает возможность создания местного сообщества (ну или это становится просто трудно сделать).
И я бы ещё добавила - инклюзивность. Мегаполисы не дают свободно существовать инвалидам, для них практически нет инфраструктуры.
Дешевле метро увеличить.