Да, летают. Не видно под микроскопом, потому что концентрация микробов очень мала, их просто не попадает под узкий зазор воздуха между предметным столиком и объективом микроскопа. В их наличии можно убедиться, подержав несколько минут открытую чашку Петри с каким-нибудь субстратом (агар, например), а после поставить её в термостат. Вырастут колонии различных микроорганизмов. Заражение же воздушно-капельным путём происходит, когда кто-то на вас чихнул или покашлял, тогда вы вдыхаете микрокапельки слюны и мокроты, в которых микробов, вирусов и бактерий полным полно. Иногда опасно также просто находиться рядом с больным, потому что болеющие люди, как правило, лежат в одних и тех же помещениях всё время боления, чихают, кашляют и просто дышат, увеличивая тем самым концентрацию микробов в воздухе. Проветривать же помещение с больным допустимо не всегда.