Да, но только в только в том случае, если под внешними данными мы понимаем либо канонические препятствия вроде отсутствия носа, либо такие особенности, которые мешают выполнять священническое служение, как, например, отсутствие пальцев на правой руке или руки вообще, немота и все, что делает невозможным совершение Литургии для будущего священника.
При этом, повторюсь, речь может идти только о невозможности стать для такого человека священником, а значит, скорее всего, и поступить на пастырское отделение, тогда как с иконописным и регентским отделением таких проблем быть не должно.
А внешняя красота, конечно, в расчет не берется при поступлении в семинарию. Че уж там, сами сходите и посмотрите на семинаристов.