Как сказать ребёнку 5-ти лет, что дедушка умер ?

Прямо. Ребёнок считает ваше отношение. Если для вас это часть жизни: да, с глубокой печалью, но – жизни, с её счастьем и потерями, то и для ребёнка будет так.
Может рыдать, может остаться спокойным. Главное – ваше отношение к смерти.
И это возраст, когда смерть и после – становятся ребёнку важны, или скорее интересны.
Так что – повод передать СВОИ взгляды. Я атеист, и для меня смерть – завершение. Если вы верующий или агностик, вы будете говорить другое.
Важно: 5 лет – возраст, когда уж точно можно говорить обо всём.

Так и сказать. Объяснить, что все люди смертны и дедушкино время пришло. Вряд ли стоит давать какие-либо ложные надежды и скрывать ситуацию. Только не стоит сгущать краски.