Потому что РЖД - монополист и воротит что хочет, а в авиации - десятки конкурирующих авиакомпаний, которые, кроме самих себя ещё вынуждены конкурировать с Аэрофлотом, который с государственной поддержкой может бессовестно демпинговать. Кроме того, пассажирские перевозки для РЖД - это головная, зубная и геморроидальная боль в печёнках. РЖД гораздо выгоднее возить грузы нежели людей. Вот, чтобы отвадить и задирают цены. Предположу ещё, что РЖД, возможно, выгоднее заполнять поезд отрезками, чем везти пассажира от Москвы до Владика.