Скорее всего это связано с пробуждением в "неправильную" фазу сна.
Сон делится на "быстрый" и "медленный", и эти стадии постоянно чередуются. Начинается сон с медленной фазы, которая длится 80-90 минут и сменяется быстрой, длящейся около 15 минут.
Пробуждение в стадию быстрого сна наиболее благоприятно, так как мозг в это время находится в активном состоянии, как при бодрствовании(бета-ритм ээг).
Медленный сон, в свою очередь, подразделяется на 3 стадии. Стадия "полусна", стадия "легкого сна", и стадия "глубокого сна". Как вы догадались, пробуждение в стадию глубокого сна как раз и вызывает то самое чувство, от которого хочется погибнуть утром, так как мозг в это время "спит" (дельта-ритм ээг)