Почему Германия не организовала серийное производство истребителей Ме.163?

В серию Messerschmitt Me.163 как раз был поставлен - серийной была модификация В, модификация А считалась предсерийной (в нее вошли в частности и образцы с номерами "versuch"). Их вообще около 500 построили - это вовсе не масштаб опытного производства.

Если же ставить вопрос корректно - почему немцы, при столь выдающихся скоростных данных и революционной конструкции, доведя самолет до серии, не стали широко его использовать и строить массово, то ответы будут очевидны:

1. прежде всего, до конца неразрешенные проблемы с мотоустановкой - низкий ресурс, ненадежная и капризная конструкция, высокопожароопасная смесь в качестве горючего, запаса которого, тем не менее, было недостаточно даже для выполнения роли перехватчика (непременным условием использования "комет" было устройство первоклассного аэродрома вблизи охраняемого объекта, тем не менее, даже это не гарантировало наличие у пилота запаса топлива для повторного захода на цель);
2. ввиду близких к скорости звука режимов полета, на тот момент абсолютно неизученных (также как аэродинамика стреловидного крыла), разработка самолета, экспериментальная проверка его поведения на сверхвысоких скоростях и выработка тактических приемов его использования требовала большого количества времени и опытных пилотов - и то, и другое у нацистов было в дефиците;
3. вследствие революционности конструкции - сразу бесхвостка со стреловидным крылом и ЖРД - наличие большого количества т.наз. "детских болезней" конструкции, на устранение которых тоже нужно было время (и человеческие жизни в большом количестве - самолет угробил большое количество летчиков);
4. существенными были и проблемы внешнего свойства - бомбовые удары союзников регулярно выводили из строя сборочные площадки немецких авиафирм; программа была под угрозой срыва после бомбежки заводов Messerschmitt AG и Klemm, к которой впоследствии перешли компетенции по этой программе.
   И это если кратко.