«Гоголь» создан по мотивам мистических повестей из сборников «Вечера на хуторе близ Диканьки» и «Миргород» («Вий»), но в нём есть отсылки почти ко всем знаковым произведениям Гоголя, включая и «Мёртвые души». Некоторые герои фильма – вымышленные, некоторые взяты из произведений Гоголя, включая, например, Черного Всадника, который фигурирует в повести «Страшная месть».
Другой основой для сценария стала биография Гоголя. Мы не ставили перед собой задачу снять точный фильм о его жизни, но опирались на реальные факты. Так, по свидетельствам Фаддея Булгарина, Гоголь в первое время пребывания в Петербурге служил в Третьем отделении императорской канцелярии. В 1829 году Гоголь издал под псевдонимом В. Алов романтическую идиллию «Ганц Кюхельгартен». После нескольких отрицательных отзывов критиков он со своим слугой Якимом скупил все имевшиеся в наличии издания собственной поэмы и сжёг их у себя в номере. В это же время он приступил к работе над «Вечерами на хуторе близ Диканьки». Откуда он взял эти сюжеты, вы узнаете из нашего фильма».