В принципе разный цвет глаз у Воланда связывают с "неопределенным цветом глаз" у Мефистофеля в Фаусте. Однако, это не объясняет устойчивый разный цвет.
Есть другое объяснение, более хитрое. Можно заметить, что в М. и М. многие персонажи имеют своих двойников. Двойником Воланда по мнению многих литературоведов, разделяющих эту "теорию двойников", является Иешуа. В том числе это проявляется и в облике - подбитый глаз у Иешуа и разный цвет глаз у Воланда, запекшаяся кровь в углу рта - угол рта скошен и т.д. Один из источников гетерохромии - это как раз механическое повреждение глаза. Можно пофантазировать, что происхождение разного цвета глаз Воланда - это "отражение" удара по Иешуа.
Кстати, он еще и хромой, и как раз хромота дьявола имеет длинную традицию - это результат отпадения от Бога. Люцифер охромел тогда, когда стал падшим ангелом. Можно представить, что и травму глаза он получил в ходе того же самого события. Хотя как раз в романе хромота - следствие чего-то вроде венерического заболевания. Кстати, венерические заболевания тоже могут привести к разноглазию :) В общем в М. и М., как и во всяком приличном мистическом произведении, символы и метки трактуются самыми разными способами.
Так вроде двойник - это Пилат Понтийский в том мире.