Отпечатки будут отличаться.
Рисунок отпечатков пальцев определяется сочетанием генетических и эпигенетических факторов. Генетические факторы - это информация, заложенная в ДНК. Эпигенетические факторы - это такие, которые меняют экспрессию генов, не меняя их нуклеотидных последовательностей. То есть при воздействии эпигенетических факторов не происходит мутаций гена (последовательность ДНК гена не меняется), но при этом происходит изменение интенсивности его работы, что ли (его экспрессии, в общем).
Вследствие воздействия эпигенетических факторов отпечатки пальцев монозиготных близнецов не идентичны: общий рисунок похож, а детали отличаются. Дактилоскопия их успешно отличает. С клонами будет то же самое: воздействие эпигенетических факторов во время развития плода будет приводить к тому, что отпечатки пальцев будут несколько отличаться. Не кардинально, но различимо.