Сложно сказать, что из этого лучше. Главредом в маленьком и неизвестном проекте быть трудно, если ты неопытный. Опытному человеку быть "рабочей лошадкой" в известном медиа скорее всего не захочется, амбиции не позволят.
Если хочется получить опыт, знакомства и разобраться с приоритетами — кем хочешь быть, какие задачи выполнять - лучше быть рабочей лошадкой в большом хорошем медиа. Если хочется экспериментов, собственных набитых шишек, и амбиции далеко уводят, то стоит побыть главредом в маленьком проекте. В таком случае проект может выстрелить и перестать быть неизвестным, круто же )) Если не выстрелит - опять круто, потому что такие ошибки очень пригодятся в будущей работе.