Русская Православная Церковь довольно осторожно отнеслась к екатеринбургским останкам. Ведь если они действительно принадлежат императорской чете, то мы имеем дело не только с крупнейшим историческим и археологическим открытием, но и с обретением мощей новомучеников.
17 июля 1998 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II отказался участвовать в торжественном захоронении останков в Петропавловской крепости Санкт-Петербурга. Не было там и никого из правящих архиереев. А служивший панихиду священник возглашал: "Упокой, Господи, души раб Твоих, имена которых Ты веси" . То есть это была панихида по умершим, имена которых даже не были названы, как так нет уверенности в том, что останки эти - царские. Сегодняшний Патриарх, а тогда председатель Отдела внешних церковных связей митрополит Кирилл прокомментировал эту ситуацию в то время следующим образом: "Я отстаиваю в меру своих сил точку зрения Православной Церкви и считаю позицию государственных властей ошибочной".
Своего отношения к вопросу Церковь не изменила и по сей день. "В данной ситуации мы имеем дело с частным мнением отдельных людей, пусть даже и академиков, - сказал нам член Синодальной Комиссии по канонизации святых, протоиерей Максим Максимов. - Сейчас очевидно, что общество разделено в своем отношении к екатеринбургским останкам, и Церковь не должна вмешиваться в эту дискуссию. Если единого мнения насчет останков в научной среде не существует, нам тем более рано делать какие-то выводы. Кроме того, Синодальная комиссия не занималась вопросом подлинности екатеринбургских останков, их исследовали эксперты Государственной комиссии. Исследования ведутся с девяностых годов, но ученые до сих пор не могут между собой договориться. Что же мы тут можем сказать?"
Секретарь комиссии по канонизации святых Саратовской епархии, член Межсоборного присутствия иерей Максим Плякин также считает, что пока делать какие-либо выводы преждевременно и даже опасно: "Пока ученые мужи не могут договориться между собой, тем паче Церковь не может выносить какие-то окончательные суждения. Потому что цена ошибки для нас - это фальшивые мощи. И тут вопрос не в том, что Церковь якобы препятствует или не препятствует чтить эти останки."