Про всех говорить трудно, ибо их тьмы и тьмы, но как правило - нет. Когда начинаешь копать, то обычно обнаруживаются литературные и экранные прототипы. Скажем, Джокер вдохновлен Гуинпленом из "Человека, который смеется", а целый ряд восточных персонажей - доктором Фу Манчу из романов Ромера. Вообще, в определенный момент была установка на придумывание как можно более нереалистичных сюжетов и злодеев, дабы читатели не могли с помощью комиксов "научиться плохому". То есть, чтобы в комиксах не было того, что можно было бы использовать для совершения реальных преступлений.
Впрочем, есть, например, комиксы, где герои имеют дело с Гитлером и другими реальными негодяями. А в фильме "Чудо-женщина" один из злодеев - реальный немецкий генерал Людендорфф.