Его большая беда заключалась сразу в двух вещах. Во-первых, Испания с Португалией не вполне представляли себе мир, который делили, а потому, договор пришлось через шесть лет перезаключить. А во-вторых, договор вообще не учитывал интересов других стран. В конце XV-го века, правда, Англии и Франции было не до заморских территорий, а Нидерландов не существовало вовсе. Вот только прошло сто лет, и Англия стала присматриваться к океану, а за ней потянулись еще и Франция с Голландией. Плюс, в какой-то момент, стали проявляться государства типа Швеции. А между тем, Испания с Португалией жили по Тордесильясскому договору и пытались заставить всех остальных его соблюдать. Разумеется, прочие державы требовали более справедливого дележа, и аргумент "мы первые нашли" не принимали. В Новой Испании английских и французских корсаров до конца XVII-го века называли "интерлоперами", то есть теми, кто пересекает черту. Ту самую черту, проведенную по Папскому меридиану.
Иными словами, договор-то действовал, просто многие его игнорировали. А потому свой смысл он утратил довольно быстро.