Так же, как и другие страны, в которых крещение произошло поздно, и в которых христианство не является титульной религией. Японию крестил св. Николай Японский примерно 130 лет назад. Первым его прихожанином стал японец - буддийский монах. В Японской православной церкви есть три епархии, большинство из настоятелей и прихожан - японцы.