Победа/призовое место в олимпиадах 1-2 уровня засчитывается как 100 баллов на ЕГЭ. Но даже олимпиаду нужно подтверждать- набрать не меньше 75 баллов на ЕГЭ. Подтверждать не нужно только итоговый этап ВОШ. Победитель/ призёр ВОШ спокойно получает свои 100 баллов и ни один российский вуз не имеет права его не принять.
Кстати, на ЕГЭ не выставляются зачёты, экзамен оценивается по 100-балльной шкале.
Или Вы имели ввиду пропуск экзамена по болезни, семейным обстоятельствам и т.д? Ничего не поделаешь- только пересдача.