В принципе, ничего невозможного в этом нет, ведь действие Чужого 1 происходит после Завета.
Произойти могло что угодно. Например, Завет встретился с кораблем Инженеров, они убили Дэвида и забрали яйца себе. Наплодили яиц, полетели с этим грузом куда-то (возможно, опять таки на Землю) и потерпели крушение, где потом их и нашла команда "Ностромо".
Единственное, что сюда не вписывается - то, что вроде бы корабль с яйцами пролежал тысячи лет, прежде чем его нашла команда Рипли. Потому что пролежавшая тысячи лет зараза это классика жанра, это внушает священный ужас и трепет. И, когда снимался Чужой, расы Инженеров и злого Дэвида еще в проекте не было, это всё придумывалось потом, по ходу создания этих частей.
Возможно, это будет как-то объяснено в следующих фильмах. Например, команде Ностромо эти тысячи лет просто показались со страху. Или климат на планете такой специфический, старит всё со страшной силой. Или планета попадала в какую-то временную аномалию
А, возможно, противоречие просто замнут для ясности, никак не будут объяснять