У меня есть несколько вариантов по этому поводу, которые появились после начала учебы на машиностроительном.
а) В некоторых случаях, различные шлицы помогают остановить разрушение головки болта при закручивании/выкручивании. Также для раскручивания шурупов требуется разное усилие которое подается на отвертку(ключ, шестигранник и прочее) чтобы удержать её на головке и она не соскочила(например, при использовании шестигранника его достаточно просто вставить в головку болта и он там будет держаться, что не прокатит с обычной плоской отверткой). Можно перечислить еще кучу нюансов, которые будут относиться к материаловедению, физике и конструированию.
б) В некоторых случаях это еще и своеобразная защита от дурака, например не у каждого дома будет валяться отвертка для того чтобы снять заднюю крышку того же айфона. Делается это для того чтобы всякие "знающие" дяди Васи не лезли туда, куда не стоит, а потом привозя технику в официальный сервис, говорить, я ничего не делал, никуда не лез, оно само сломалось.
б) Большая часть шлицов запатентованы, что позволяет вполне обоснованно взымать деньги с производителей , которые используют патент на тот или иной шлиц.