Две хромосомы объединяются в одну не "постепенно", а мгновенно - в одной из половых клеток какого-то индивида. После оплодотворения рождается мутант.
Мутант с двумя нормальными хромосомами и двумя слипшимися не обязательно нежизнеспособен и стерилен. И он не является новым видом.
Нестерильный мутант может скрещиваться с нормальными особями предкового вида, гибриды не обязательно нежизнеспособны и необязательно стерильны. Особенно самки (если речь о млекопитающих). В итоге в популяции могут сосуществовать индивиды с ТРЕМЯ различными по количеству хромосом наборами, но гены на этих хромосомах на первых порах не будут отличаться от предковых. Подробно я все это вам уже расписал здесь
Разное количество хромосом в общем случае не гарантирует полную репродуктивную стерильность. Вот конкретный вид (или несколько родственных видов) - пунаре, разные популяции которого имеют разное число хромосом (28, 30 и 34), причем 28 и 30 способны скрещиваться, а гибридные самки-29 тоже фертильны. И ведь у представителя формы 30 две хромосомы слиплись не вчера! Там уже не только число хромосом отличается, но и некоторые гены успели по-разному мутировать...
В статье о пунаре подробно разжевано КАК и почему это возможно на хромосомном уровне.
И это не единственный вид (или группа родственных), где разное число хромосом до сих пор еще не привело к полной репродуктивной изоляции. Вот землеройки (PDF-файл).
И все это реальные живые звери, дающие реальное фертильное потомство, плюя на ваши схоластические домыслы о том, что они могут и что - нет.