Тут надо посмотреть, что вы понимаете под "прогибаться". По идее начальство взяло Вас на работу, чтобы Вы делали то, что вам говорят. И даже если начальство хочет, чтобы все было не строго по расписанию и договору, а ещё что-то неуставное имело место быть, с точки зрения закона, вы может и правы. А как сотрудник, вы не айс - не признаете его власть - тут конфликту быть однозначно.
Поэтому вам надо четко понимать не только то, что написано на бумаге, но и то, чего хочет начальство "между строк". Кто понял это и принял, как правила игры, может не только классно устроиться но и преуспеть.
P.s. ещё было бы неплохо посмотреть, почему вы пошли на работу, где надо балансировать между гармонией внутри и положением вовне.
Разве что стараться вести себя профессионально, предъявлять доводы и показывать свою точку зрения логичной оптимальной. Спор допустим, но без повышенных тонов.
Общаться со всеми на равных и быть вежливым. Но не позволять никому нарушать личные границы. Объяснять свою позицию спокойно и аргументированно, в конце концов, начальники тоже люди, не нужно их бояться или "приклоняться" перед ними, и та власть, которую они якобы имеют над вами, зачастую мнима. Так что ничего не бойтесь и отстаивайте свои права)