В самом вашем вопросе содержится ошибка. Попкорн абсолютно нормально готовится и в духовке, в больших объемах его так готовить даже удобней и экономический эффективней.
В микроволновке готовить просто удобней: быстрее и можно готовить сразу в бумажном пакете.
Если у вас попкорн в духовке не приготавливается то... ммм.... если честно, сложно представить что там можно "запороть", ведь процесс элементарный. Возможно вы использовали зерно не предназначенное для этих целей, может не выдержали температуру, а может с большого ума вообще чего отчебучили - к примеру одни мои знакомые пытались сделать попкорн и заливали его маслом - ну чтоб не пригорело! )